يستند مرکز دعم الصحة السلوكية على القيم التي يتبناها في منهجية عملية للوصول إلى تعزيز قدرة الشباب على إنشاء أسرة مثالية وعلاقات اجتماعية طبيعية في المجتمع واستيفاء معايير الجودة والتي تتمثل في :
1 – احترام خصوصية الفئات المستهدفة . ( متلقي الخدمة )
2 – التميز في تقديم الخدمة العلاجية للفئات المستهدفة .
3 – المسؤولية المجتمعية والتعاون بين كافة مؤسسات المجتمع .
4 -تأصيل قيم الاستقامة الأخلاقية لدى الشباب والنشء .
5 – السرية و الخصوصية.